El Hospital como Empresa Social  del Estado  es una  entidad pública descentralizada del orden Distrital, dotada de Personería Jurídica, Patrimonio Propio y Autonomía Administrativa, encabezada por el Doctor Kemer Ramírez Cárdenas, Gerente para el periodo 2012-2016.

En la década de los noventa la cobertura en salud para la población de la Localidad de Tunjuelito era brindada a través de dos instituciones de salud de la Red Pública: Hospital El Carmen II Nivel que brindaba servicios de baja y mediana complejidad con énfasis en la atención materno perinatal y el Hospital Tunjuelito I Nivel, con servicios de baja complejidad y énfasis en el desarrollo de acciones de promoción y prevención tanto individuales como colectivas (PAB) y de atención al medio ambiente.

Mediante acuerdo 17 de 1997 del 19 de diciembre de1997, la Alcaldía Mayor de Bogotá transforma los establecimientos públicos Distritales de Servicio de Salud en Empresas Sociales del Estado;  para esta época, el Hospital Tunjuelito I Nivel estaba conformado por cinco (5) puntos de atención, distribuidas de la siguiente manera : UPA Nuevo Muzú, UPA. San Benito, CAMI I Venecia, CAMI Tunjuelito y UBA Isla del Sol, por otra parte el Hospital el Carmen II Nivel independientes entre si, hacían parte de la red de salud pública adscritas a la Secretaria Distrital de Salud del Distrito Capital.

El Hospital Tunjuelito II Nivel E.S.E., tiene su origen como tal, con el Acuerdo 011 del 22 de junio del 2000, fecha en el cual el Consejo de Santa Fé de  Bogotá  D.C. fusionaron las Empresas Sociales del Estado, enunciando en el artículo primero Fusión “Fusionar las siguientes Empresas Sociales del Estado adscritas a la Secretaria Distrital de Salud de Santa fe de Bogotá D.C.” Inciso cuarto:”Los Hospitales El Carmen II Nivel y Hospital Tunjuelito I Nivel Empresa Social del Estado. Su denominación será Hospital Tunjuelito Empresa Social del Estado.”

Posteriormente y con el animo de adecuar la estructura organizacional mediante acuerdo 03 del 3 de octubre de 2000, La Junta Directiva Provisional del Hospital Tunjuelito E.S.E., determina la siguiente estructura organizacional del mismo y se establece las funciones de las áreas determinadas.

Igualmente mediante Acuerdo 04 del 4 de octubre de 2000, la junta directiva provisional del Hospital Tunjuelito E.S.E, procede a suprimir de los antiguos Hospitales El Carmen II Nivel  y Tunjuelito I Nivel, los cargos que allí se relacionan; de otra parte mediante Acuerdo de Junta 005, se aprueba el manual especifico de funciones y requisitos de los diferentes empleos que conforman la nueva planta de personal del Hospital Tunjuelito E.S.E.  Como resultado de la fusión, el hospital, se vio en la necesidad de crear una planta de personal transitoria, para dejar como parte de ella a funcionarios que por razones de fuero y maternidad no podían ser desvinculados para ese momento, emitiendo el Acuerdo 006 del 19 de octubre de 2000 para ese propósito.

Dentro del proceso de transformación del Hospital Tunjuelito E.S.E. asumió funciones de I y II nivel, lo que conllevó a la especialización de las diferentes sedes por tipo de servicio como respuesta a la mayor proporción de atención de necesidades en salud de mediana y baja complejidad.

La Institución opera actualmente con una infraestructura física compuesta por nueve sedes:

1. Unidad  Materno Infantil
2. Unidad de Medicina Interna
3. Unidad Quirúrgica
4. Unidad de Rehabilitación Nuevo Muzú
5. Unidad de Salud Mental San Benito
6. Unidad de Atención Básica Isla del Sol
7. Clínica Saludable.
8. Clínica Odontológica
9. Sede Administrativa.